Hij werd geboren als zoon van een bierbrouwer en volgde onderwijs in Rolduc en later aan het Bisschoppelijk College in Roermond. Na een weinig succesvolle poging om notaris te worden, ging hij in 1856 werken in de brouwerij van zijn vader, die hij vanaf 1859 mede leidde. In 1860 trouwde hij met Anna Maria Berentzen; samen kregen ze vier kinderen.
In 1874 koos Seipgens definitief voor de literatuur. Hij studeerde Duits in Göttingen en behaalde daarna in Den Haag zijn lesbevoegdheid. Vervolgens werkte hij als leraar Duits in Tiel, Zutphen en vanaf 1883 in Leiden. Daar raakte hij bevriend met hoogleraar Jan ten Brink. Van 1893 tot zijn overlijden was hij secretaris van de Maatschappij der Nederlandsche Letterkunde.
Al op jonge leeftijd schreef Seipgens gedichten. In 1855 richtte hij met anderen het genootschap De Lelie op, waarmee hij ook een dichtbundel uitgaf. Zijn eerste verhalenbundel, Limburgsche legenden, verscheen in 1857. Hoewel hij zowel in het Nederlands als in het Roermonds dialect dichtte, publiceerde hij weinig poëzie.
Na het uiteenvallen van De Lelie werd hij actief in Roermondse culturele verenigingen. Voor de toneelvereniging schreef hij onder meer het libretto van de opera Schinderhannes, in dialect. Ook andere toneelstukken van zijn hand speelden zich af in Limburgse context.
Zijn bekendste werk is het verhaal De kapelaan van Bardelo (1880), over een priester die twijfelt aan zijn roeping. Dit leidde tot felle kritiek vanuit katholieke kringen en zelfs oproepen om het tijdschrift waarin het verscheen te boycotten. Seipgens keerde vaker terug naar dit thema, onder andere in Jean en in zijn roman Daniël, die na zijn dood werd voltooid en gepubliceerd.
Na zijn vertrek uit Roermond bleef hij verhalen over Limburg schrijven. Zijn latere toneelwerk in het Nederlands kreeg echter weinig waardering. Ondanks erkenning voor zijn talent bleef zijn werk omstreden binnen katholieke kringen.